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Pour évaluer les changements à long terme dans les ruisseaux, le personnel du parc national des Mille-Îles surveille la qualité de leurs eaux chaque année, en juillet. Les échantillons sont analysés pour plusieurs paramètres, notamment : le phosphore total, l’ammonium, le nitrate, la turbidité et la conductivité spécifique.

Le parc national des Mille-Îles installe des enregistreurs de données pour surveiller les températures de l'eau du ruisseau aux sites d'étude désignés du printemps à l'automne.

Chaque année, en août, le PNMI évalue la densité des semis et des gaules à l’intérieur de cinq sous-parcelles de 20 m sur 20 m de parcelles de forêts du RESE. Il fait la rotation des parcelles tous les cinq ans (six parcelles par année) et les surveille à l’aide des protocoles et des normes du Réseau de surveillance et d’évaluation écologiques (RESE).

Des données sont recueillies à l’aide de dispositifs d’enregistrement automatique qui sont préprogrammés et installés dans les écosystèmes forestiers. Les appareils sont programmés pour capter le chant des oiseaux le matin, de mai à août, et les enregistrements ultérieurs sont analysés par Études d’Oiseaux Canada. L’abondance des oiseaux forestiers dans diverses guildes communautaires est comparée aux autres types de forêts analogues dans l’ensemble de l’Ontario et surveillée à l’aide du protocole de surveillance des oiseaux forestiers.

Chaque année, en août, le personnel du parc fait une évaluation visuelle de la santé des arbres à l’intérieur de parcelles de forêts de 20 m sur 20 m. Il fait la rotation des parcelles tous les cinq ans (six parcelles par année) et les surveille à l’aide des protocoles et des normes du Réseau de surveillance et d’évaluation écologiques (RESE). L’état de la cime, le diamètre à hauteur de poitrine et les défauts sur le fût servent d’indicateurs de la santé des arbres afin d’identifier les symptômes de dépérissement des arbres et des forêts.

La présence et l’abondance de 11 espèces d’oiseaux des marais sont évaluées chaque année à l’aide de relevés visuels et audio (huit parcelles par année) dans l’ensemble du parc entre mai et juillet. La richesse en espèces d’oiseaux et l’abondance des espèces indicatrices peuvent être comparées à des centaines d’autres sites du Programme de surveillance des marais dans la région des Grands Lacs.

Plusieurs mesures qui caractérisent les débris ligneux au sol sont enregistrées le long de trois transects de 45,14 m associés aux parcelles de forêts du Réseau de surveillance et d’évaluation écologiques (RESE) qui sont évaluées à long terme. Plusieurs mesures sont enregistrées, notamment le diamètre des DLS au point de contact, l’espèce d’arbre, la classe de décomposition et plusieurs autres données.

Des relevés de l’abroutissement sont réalisés chaque année en juillet et en août et sont menés par le personnel du parc. Chaque parcelle se compose de neuf sous-parcelles circulaires (rayon de 2 m) dans une grille mesurant 3 m sur 3 m et espacées à des intervalles de 15 m. Le nombre de semis (de 5 à 30 cm) et de gaules (de 30 à 200 cm) de chaque espèce d’arbre est dénombré. Une corrélation est établie entre le recrutement des semis et l’abondance des herbivores, ce qui constitue une méthode efficace pour évaluer la pression d’abroutissement dans les écosystèmes forestiers.

Les données sur les invertébrés benthiques sont recueillies et utilisées pour deux mesures biologiques qui évaluent la qualité de l’eau douce du PNMI. La collecte des données sur les ruisseaux situés dans le parc a lieu chaque année en juillet et elle suit le protocole du Réseau de surveillance biologique du benthos de l’Ontario. Les procédures sur le terrain comprennent une méthode qui consiste à soulever la vase avec les pieds et à passer un filet à l’emplacement de deux rapides et d’une mare.

Les données sur les invertébrés benthiques sont recueillies et utilisées pour deux mesures biologiques qui évaluent la qualité de l’eau douce du PNMI. La collecte des données sur les ruisseaux situés dans le parc a lieu chaque année en juillet et elle suit le protocole du Réseau de surveillance biologique du benthos de l’Ontario. Les procédures sur le terrain comprennent une méthode qui consiste à soulever la vase avec les pieds et à passer un filet à l’emplacement de deux rapides et d’une mare.