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Le milieu côtier est un indicateur de l’intégrité écologique de la RPNCAM. Trente et une espèces de plantes rares se trouvent dans le milieu côtier du parc. Les plantes rares ont été choisies comme une mesure de l’indicateur milieu côtier. Les objectifs du suivi consiste donc à déterminer si 1) le nombre de colonies de plantes rares et 2) l'abondance des espèces focales se maintiennent dans le temps.

Quarante espèces de plantes rares se trouvent dans la toundra de la RPNCAM. La toundra est un indicateur de l’intégrité écologique du parc. Les plantes rares ont été choisies comme une mesure de l’indicateur toundra. Les objectifs du suivi consiste donc à déterminer si 1) le nombre de colonies de plantes rares et 2) l'abondance des espèces focales se maintiennent dans le temps.

Les plantes endémiques sont celles que l’on trouve uniquement au Canada. Les plantes se sont génétiquement adaptées aux conditions environnementales particulières de ces régions. Parce qu’elles ne se trouvent nulle part ailleurs, le Canada se doit de veiller tout spécialement à ce que ces plantes ne disparaissent pas. La carte montre le nombre de plantes endémiques par écorégion de 93 plantes vasculaires endémiques à l'échelle du pays, d'après leur présence établie à l'intérieur de chacune des 194 écorégions du Canada.

Le Canada a établi une classification hiérarchique des écosystèmes. En termes simples, il existe vingt écozones, quinze terrestres et cinq marines. Une écozone est un secteur de la surface terrestre qui représente une vaste zone écologique et qui se caractérise par son relief et son climat. Les écozones se distinguent entre elles par la mosaïque de plantes et d’espèces sauvages qu’elles renferment, ainsi que par leur climat, leur relief et les activités humaines qui s’y déroulent.

Les zones humides sont des terrains submergés sous l'eau ou imprégnés d'eau en permanence ou de manière temporaire; elles se caractérisent par la présence de plantes adaptées aux sols saturés d'eau. Les zones humides constituent l'unique écosystème dont la conservation a été l'objet d'une convention internationale, car elles absorbent l'impact des événements hydrologiques, filtrent les sédiments et les substances toxiques, offrent de la nourriture et un habitat essentiel à de nombreuses espèces et fournissent des matières premières pour l'alimentation, l'approvisionnement énergétique et les matériaux de construction, tout en représentant de précieuses aires de loisirs. Certaines zones humides contribuent à l'alimentation des eaux souterraines, alors que d'autres reçoivent des débits d'eau souterraine. Les zones humides sont vulnérables aux variations climatiques et aux événements extrêmes Elles sont présentes dans l'ensemble du Canada.

Les parcs nationaux, administrés par Parcs Canada, protègent les 39 régions naturelles représentatives du Canada. Il y a trois parcs nationaux au Nunavut. Les activités éducatives qui concourent à l’appréciation et à la jouissance de ces milieux naturels par le public sont encouragées, dans la mesure où elles ne portent pas atteinte à l’intégrité écologique du parc.

Les plantes exotiques envahissantes (comme la renouée du Japon et l’angélique sauvage), sont considérées comme un grave problème pour de nombreuses aires protégées. Le parc national Fundy fait rapport sur la présence des espèces envahissantes prioritaires dans des cellules de grille; la grille couvre toute la superficie du parc.

« Opération floraison » fait partie du programme national « Attention Nature » qui vise à mesurer l’impact des changements climatiques sur la floraison des mêmes espèces à travers le Canada. Trois espèces ont été sélectionnées pour le parc, dont deux arctiques-alpines. Ces plantes arctiques et/ou alpines ont été retenues pour le programme de suivi de l’intégrité écologique puisqu’elles pourraient être particulièrement sensibles aux changements climatiques. La méthode consiste à noter chaque année la date de début de floraison des mêmes groupes de plantes.

Les activités du transport ont un impact significatif sur l’environnement, parce qu’elles entraînent la fragmentation des habitats naturels et qu’elles sont une source de pollution. En effet, les routes empiètent sur les habitats naturels, divisent les écosystèmes et modifient le paysage de façon permanente. L’aménagement du réseau routier a par conséquent des effets indésirables sur les espèces qui ont besoin de grands espaces naturels non perturbés. Il n’en demeure pas moins que l’impact le plus significatif du secteur des transports est la consommation par les véhicules de combustibles fossiles.

Les aires protégées sont des territoires terrestres ou marins établis par la loi, qui sont réglementés et gérés à des fins de conservation. Elles comprennent les parcs, les réserves fauniques et forestières et les autres aires désignées par des lois fédérales, provinciales et territoriales. On compte plus de 3500 aires protégées, dont environ 800 aires ont une superficie supérieure à 1000 hectares. Ces aires représentent plus de 98 % de la superficie totale protégée au Canada.